Descrizione
L'isola di Capraia è l'unica isola vulcanica dell'arcipelago toscano. La prima eruzione vulcanica, avvenuta circa nove milioni di anni fa in direzione Capo Corso, determinò la formazione di un'isola con una estensione doppia di quella attuale. A causa di un violento terremoto circa metà dell'isola, verosimilmente la parte occidentale dove oggi le scogliere sono più dirupate ed i fondali più profondi, sprofondò nel mare. In seguito si formò un altro vulcano, presso l'attuale monte dello Zenobito, le cui successive eruzioni determinarono l'attuale conformazione dell'isola. Ancora oggi sono visibili i segni della natura vulcanica del monte nella struttura di basalti che fa da piedistallo alla Torre e nel colore delle rocce della famosa Cala Rossa. La morfologia del territorio, prevalentemente montuosa, presenta coste occidentali estremamente ripide e scoscese, mentre ad est i pendii sono più docili. La vetta più alta dell'isola è il monte Castello che raggiunge un'altezza di 445 m. Le uniche aree pianeggianti dell'isola sono la Piana di Santo Stefano e la Piana dello Zenòbito. Dal punto di vista idrografico, sono presenti numerosi rigagnoli a regime stagionale detti "vadi", nome derivante dall'arabo "uadi" ovvero corsi d'acqua, che hanno formato alcune calette di ciottoli sulla costa del versante orientale dell'isola, e tra le quali la maggiore è il Vado del Porto. A Capraia esiste, inoltre, l'unico laghetto di tutto l'Arcipelago Toscano, lo Stagnone, formatosi all'interno di un invaso naturale grazie all'acqua piovana e ad una falda acquifera In merito ai fondali marini, la batimetria dell'isola sale rapidamente partendo da profondità delle vaste aree sabbiose a largo e dalle secche pescose che le interrompono frequentemente ai fondali rocciosi sottocosta dominati da grossi massi staccatisi dalla costa.
Capraia è considerata il paradiso del birdwatching poiché la presenza dell'unico invaso nell'arcipelago toscano ne fa la meta ideale per le soste di numerosi uccelli migratori, circa 200 specie. Per questo motivo numerosi centri di ricerca la hanno scelta per le operazioni di cattura a scopo di inanellamento. L'isola di Capraia ha in comune molte analogie naturalistiche con le due isole del Mediterraneo cui è più vicina, la Sardegna e la Corsica. L'isola è dominata dalla macchia mediterranea. La lecceta originaria dell'isola, che era scomparsa per l'attività agricola del passato restano pochi esemplari limitati all'are dell'Ex Colonia Penale e del monte Campanile. La flora terrestre tipica è costituita dall'erica, il corbezzolo, il lentisco, il mirto per quanto riguarda la macchia alta. Nella macchia bassa, perlopiù nelle zone costiere, si trovano il cisto marino, la ginestra, l'euforbia e l'oleandro. Molto diffusi sono anche gli arbusti aromatici come il rosmarino, il maro, la lavanda e l'elicriso. Nelle zone costiere domina l'alternanza fra le formazioni rocciose e larghi campi di posidonia oceanica, una pianta marina dalla suggestiva fioritura, misti a sabbia e fango. Sono endemismi di Capraia il Fiordaliso di Capraia, la Menta Nana, la Linaria, l'Orchidea di Capraia, la Chiocciola di Capraia e la Ginestra Villosa Enermis. Riguardo alla fauna si trova un 'ampia varietà di animali: gabbiano reale, marangone dal ciuffo, berta, gabbiano còrso, poiana, falco pellegrino, gheppio, passero solitario, venturone còrso, muflone, coniglio selvatico, raganella sarda, biacco. Numerose sono le specie ittiche che si possono ammirare bei fondali dell'isola. La popolazione marina varia a seconda delle profondità, delle caratteristiche morfologiche e della temperature delle acque.